秸秆发酵的过程按发酵窑内氧气参与发酵的程度及产生的物质分：有氧发酵过程、秸秆酶解过程、产酸发酵过程。

（1）有氧发酵过程：微贮是于无氧条件下利用微生物发酵的秸秆处理技术。但在秸秆的封闭过程中，秸秆原料中或多或少地存在着氧气，这就使得在发酵的最初几天里好氧性或兼性微生物得以生长和繁殖。通过这些好氧性微生物的活动可将秸秆中的少量糖分和氧气转化成二氧化碳和水，最后氧气越来越少，直至氧气的含量下降为零。这时好氧性微生物就不能生存，最后全部死亡。

（2）秸秆的酶解过程：由于微生物的活动，产生了各种酶类，这些酶类破坏秸秆中的纤维素、半纤维素和木质素的结构，使它们逐级降解，形成各种糖类物质。秸秆的酶解过程是比较缓慢的，随着微生物繁殖量的增加和微生物活性的提高，秸杆被逐步酶解为糖类物质。在整个酶解过程中，半纤维素最易被降解，而形成较大数量的木糖、阿拉伯胶、葡萄糖、甘露糖和半乳糖。当这些糖类达到一定浓度时，微生物就可以利用这些糖分作为底物产酸发酵。

（3）产酸发酵过程:微生物利用秸秆饲料中的糖类作为底物，并将它们转化为有机酸类的过程。秸秆经有氧发酵后，氧气被消耗尽，需氧微生物不能存活。这时厌氧性微生物开始活动。它们在厌氧条件下，不能将糖类底物彻底转化成水和二氧化碳，只能分解为各种有机酸类，包括已酸、丙酸、乳酸、丁酸等。这些有机酸在秸秆饲料中发生电离，形成大量的氢离子，使秸秆饲料酸化，pH值下降。当pH值下降到4.5-5.0时，酸性又抑制了各种微生物的活动，从而使微生物活动减慢，而形成良好的秸秆微贮饲料。

2、禽类、鱼类养殖阶段

益生菌依附于秸秆饲料上，鸡鸭鹅等禽类食用饲料后，益生菌也被吃进禽类的肚子里。在禽类肠道中益生微生物继续繁殖和代谢，其代谢产物能阻止和抑制大肠杆菌、沙门氏杆菌等致病菌的侵入和定植，抑制氨、胺类物质产生，维持肠道健康的同时有利于优化养殖环境；产生的各种高活性酶类能促进动物对营养物质的吸收，进而提高饲料利用率；菌体内富含蛋白质、核酸、维生素和多种酶，具有增强动物免疫力的能力，降低养殖成本，这一阶段五大益生菌菌种均发挥作用。

3、水体净化阶段

一般而言，水体中聚集过多的氮、磷营养物质，就会出现水体富营养化。虽然本项目采取禽类粪便直接入水，但循环养殖技术体系中禽类食用发酵饲料后产生的粪便富含益生菌及其代谢物，直接排入鱼塘后：一部分存在于水体中、一部分进入鱼类肠道成为鱼类的饲料。进入鱼类肠道的部分待鱼类完成相关代谢后再次排入水中。最后，禽类和鱼类粪便中的益生微生物及其代谢物共同作用于高有机物的水体，分解有机物、净化水体，实现水体的生态化清洁。在这一阶段，有益微生物起到水体清洁的作用。

4、无公害农业生产阶段

含有机物、益生菌及其代谢物的水体，类似于一种液态菌肥。用这种水体灌溉农田，有机物可以成为农作物生长的能源物质；益生菌及其代谢物可以起到固氮、杀菌、杀虫、促进根系生长、活化土壤生态环境等多方面的作用。